La Fiscalía General de la Nación imputó formalmente a Juliana Guerrero y a Luis Carlos Gutiérrez, exsecretario de la Fundación San José, por los delitos de fraude procesal y falsedad ideológica en documento público. Durante la diligencia judicial, que logró concretarse en su tercer intento tras dos inasistencias previas de la funcionaria, ninguno de los procesados aceptó los cargos que les atribuye el ente acusador. La investigación se centra en presuntas irregularidades en la obtención del título de contadora pública de Guerrero, documento que habría sido utilizado para acreditar los requisitos exigidos para su posesión como viceministra de Juventudes en el Ministerio de Igualdad
De acuerdo con el material probatorio presentado ante el juez de control de garantías, Guerrero reportaba inicialmente en su hoja de vida únicamente un título técnico en gestión contable, formación insuficiente para el cargo de alta dirección. No obstante, dos semanas después, la información fue actualizada incluyendo un título profesional de la mencionada fundación. La Fiscalía sostiene que la implicada no cumplía con los requisitos legales para graduarse, señalando que el exsecretario de la institución educativa habría consignado hechos falsos en el acta de grado, omitiendo la falta de presentación de las pruebas Saber Pro exigidas por el Icfes.
El ente investigador fue enfático al señalar que Juliana Guerrero tenía pleno conocimiento de las irregularidades administrativas en su proceso de titulación y que, a pesar de ello, decidió anexar los documentos a su perfil profesional de manera voluntaria. Para la Fiscalía, esta acción tuvo el propósito deliberado de engañar a la oficina de talento humano del Ministerio de Igualdad para acceder a la administración pública. El despacho judicial destacó que la imputada había dilatado el proceso en ocasiones anteriores alegando la falta de un abogado de confianza, situación que finalmente fue superada para dar inicio formal a la etapa de instrucción.
